Alors, je répond à mon propre sujet car j'ai eu l'occasion de tester 2 choses qui fonctionnent :
1) Après avoir dupliqué un répertoire et renommé le fichier .CPR pour créer un projet à partir d'un autre projet, je restais dubitatif sur le succès de cette méthode car il constatait que le projet avait changé de répertoire et me demandais si je souhaitais pointer sur l'ancien répertoire ou le nouveau. Comme j'avais peur que mon projet initial soit touché par cette manip, je n'avais pas été plus loin. Cette fois-ci, après avoir effectué un backup complet de mon projet source, je me suis décidé à cliquer sur "utiliser le nouveau répertoire" et... tout s'est passé ! Les modifications effectués sur le nouveau projet n'impactent absolument pas l'ancien projet. Ouf ! Seul chose, Cubase m'indique ne pas trouver certains fichiers audio, ce qui est logique puisque je ne les utilise plus et que j'ai supprimé les pistes qui les utilisaient. Mais à chaque lancement, le même message et l'obligation de cliquer sur Ok.
2) Du coup, j'ai tenté une autre technique : le copier-coller d'un projet existant vers un nouveau projet vide. Si je sélectionne une ou plusieurs pistes "Instrument" existantes de mon projet source, que je fais un Copier, puis que je passe sur mon nouveau projet et effectue un Coller, il me copie bien les éléments MIDI mais également les paramètres de la piste (Instrument, réglages). Seule limite, si on essaie de procéder les pistes une par une, il va commencer par créer une nouvelle piste lors du premier copier-coller, puisqu'aucune piste n'existe, mais le second copier-coller va se copier par dessus la piste existante. Il faut peut-être créer une nouvelle piste Instrument dans le nouveau projet avant de coller mais, dans ce cas, il va sûrement copier uniquement les événements MIDI et pas les réglages de la piste Instrument. Du coup, mieux vaut sélectionner toutes les pistes qui nous intéressent dans le projet source puis toutes les coller dans le projet vide, cela fonctionne parfaitement.